Regresó a la cima de las listas de éxitos nuevamente con su sexto y séptimo álbum de estudio, el crossover Border Girl (2002) y Pau-Latina (2004), respectivamente. En 2004 y 2006 puso a la venta sus siguientes álbumes de estudio, Pau-latina y Ananda respectivamente, que la consolidaron entre las cantantes más importantes de América. El primer sencillo de Pau-latina, «Te quise tanto», fue la primera canción de la cantante en alcanzar el primer lugar en Hot Latin Tracks, la lista de música latina más importante de los Estados Unidos, logro que repitió con «Dame otro tequila» y el primer sencillo de Ananda, «Ni una sola palabra».9 nominaciones para los Premios Grammy y el Premio Grammy Latino. En 2012 y 2013, Forbes informó que Rubio era una de las "50 mujeres más poderosas de México"10 y en 2015 fue incluida en la lista "Celebrity 100: las súperestrellas más seguidas de Twitter". A principios de la década del 2010, Rubio se destacó por participar como entrenador en los espectáculos de talentos más importantes de América y España. En 2012, se desempeñó como entrenadora en la segunda temporada de La Voz ... México, en 2013 se convirtió en entrenador de La Voz Kids, y también se convirtió en juez de la versión estadounidense de The X Factor. En 2019, durante la promoción de su undécimo álbum de estudio, Deseo (2019) regresó a La Voz ... España.
Rubio ha marcado tres álbumes número uno en la lista de Billboard Top Latin Albums de los Estados Unidos y cinco de sus éxitos han alcanzado el número uno en la lista Billboard Hot Latin Songs, convirtiéndola la quinta artista femenina en la lista con más sencillos número uno. Rubio ha ganado numerosos premios y reconocimientos, entre ellos siete Premios Billboard de la Música Latina; cinco Premios Lo Nuestro; tres premios MTV Latinoamérica; y dos Premios Telehit, incluido el Premio Trayectoria; y un galardón especial como "artista mexicana con la mayor proyección internacional"
